Черный корабль прибыл на Землю в 2005 году во время второго метеоритного дождя, после того как Камень Воздуха был испачкан кровью Женевьевы Тиг и вызвал метеоритную грозу. Прибытие корабля было засвидетельствовано Ланой Лэнг, а после Лекс Лютор переместил корабль на Склад #15, где команда учёных попыталась изучить и открыть его. Позже было показано, что Профессор Милтон Файн был фактически воплощением Мозговой Интерактивной Конструкции. Черный корабль исчез со Склада #15, после того, как Кларк победил Брэйниака в Крепости Одиночества (5.08 - Solitude). Черный корабль телепортировался в гондурасские джунгли. Брэйниак создал три своих клона, чтобы выполнить свою задачу: освободить генерала Зода из Фантомной Зоны. Позже Брэйниак использовал черный корабль, чтобы похитить Лекса и наделить его способностями криптонца. После того, как Зод вселился в тело Лекса, он восстановил криптонский черный ящик криптонцев (известный также как жесткий диск черного корабля), разрушая корабль в процессе. Зод попытался использовать черный ящик, чтобы превратить Землю в новый Криптон через ноутбук Лекса. Устройство было уничтожено Кларком, оставив только половину диска. Лекс нашел её и отправил своим ученым. Позже Лана узнала, что Лекс спас черный ящик и хотела, чтобы он использовал его против криптонцев, если они вновь будут вторгаться на Землю. Однако, сила жесткого диска была поглощена фантомом Баерном (6.06 - Fallout), и устройство превратилось в кучку пыли.
| 
